وجود ناخالصی در گوهر ها همیشه هم نکته منفی برای گوهر در نظر گرفته نمی شود، این تصور غلطی است که در بین خریداران جواهر وجود دارد. البته استثنایی درباره الماس وجود دارد که هر چه پاک تر باشد ارزشمند تر است ولی در مورد سنگ های رنگی شاید چندان صادق نباشد.
سنگ های رنگی کمی وجود دارند که از نظر پاکی بدون ناخالصی باشند. ناخالصی ها اغلب نه تنها می توانند که مشخص کننده معدن باشند بلکه به هیچ وجه نقص به شمار نرفته و حتی باعث زیبایی ظاهری سنگ رنگی هم می شوند. در ادامه به برخی سنگ های رنگی که ناخالصی ها در زیباتر شدن آن ها نقش دارند اشاره می کنیم:
کهربا (Amber): یکی از معروف ترین و با ارزش ترین نمونه ها است. وجود فسیل هایی از موجودات ماقبل تاریخ (گیاه یا حشرات) در خود، طرفداران بسیاری در بین علاقه مندان به گوهر ها دارد.
کوارتز روتایل دار (Rutilated Quartz): یکی دیگر از نمونه های سنگ رنگی است که ناخالصی های سوزنی شکل روتایل از جنس دی اکسید تیتانیوم، درآن به زیبایی در کنار هم قرار گرفته اند. این نمونه از خانواده کوارتز برخلاف دیگر اعضای این خانواده بهتر است شفاف و بدون ناخالصی باشد ناخالصی های سوزنی شکل روتایل در گروه دیگری از سنگ های رنگی هم دیده می شود که باعث ایجاد پدیده ستاره ای یا چشم گربه ای در آنها می شوند.
هنگامی که این ناخالصی ها در زوایه های مشخص با هم برخورد کرده باشند، پدیده ستاره ای 6 پر را به وجود می آورند که می توان از نمونه آن به یاقوت ها اشاره کرد و هنگام بازتاب نور از سطح ستاره ای را به نمایش می گذارند.
نمونه دیگر ناخالصی ها، ذرات پیریت (Pyrite) در لاجورد (Lapis Lazuli) است که رگ ها و یا نقاط طلایی منحصر به فردی را نمایش می دهند.
از اجزای خانواده کلسدونی همانند جاسپر و عقیق ها هم معمولاً 20 درصد شامل مواد معدنی خارجی است که نقاط رنگی، الگوه های راه راه یا همانند شعلع آتش و یا مناظر طبیعی را نشان می دهد.